O novo Enem terá uma nova função, além de substituir o vestibular das universidades federais: será usado como certificação para as pessoas que terminarem os estudos em cursos de Educação de Jovens e Adultos.

A prova entraria no lugar do Exame Nacional para Certificação de Competências de Jovens e Adultos (Encceja), feito pelo Ministério da Educação e hoje já aplicado em 10 Estados.